Από τη νέα αγωνιστική περίοδο αλλάζει ο τρόπος διεξαγωγής και στο Πρωτάθλημα Β’ Κατηγορίας. Η απόφαση λήφθηκε έγκαιρα από το Διοικητικό Συμβούλιο της ΚΟΠ, ώστε να δοθεί περισσότερος χρόνος για σωστό προγραμματισμό στις ομάδες που θα λάβουν μέρος στη διοργάνωση 2009-2010.
Σύμφωνα με την απόφαση της ΚΟΠ οι ομάδες που θα τερματίσουν μέσα από τη διαδικασία των 26 αγωνιστικών στις θέσεις 1-4, θα δώσουν μεταξύ τους έξι επιπρόσθετους αγώνες για τον τελικό καθορισμό της κατάταξης του Πρωταθλήματος Β’ Κατηγορίας. Μετά την ολοκλήρωση των αγώνων της δεύτερης φάσης, οι τρεις πρώτες ομάδες θα εξασφαλίσουν την άνοδό τους στην μεγάλη κατηγορία.
Στο Πρωτάθλημα Β’ Κατηγορίας 2009-2010 θα λάβουν μέρος οι ακόλουθες δεκατέσσερις ομάδες:
Ατρόμητος Γεροσκήπου, ΑΕΚ Λάρνακας, Αλκή (διαβαθμίστηκαν από το Πρωτάθλημα Marfin Laiki), Αθλητικός Όμιλος Αγίας Νάπας, ΑΣΙΛ Λύσης, Διγενής Ακρίτας Μόρφου, ΜΕΑΠ Πέρα Χωρίου Νήσου, ΠΑΕΕΚ Κερύνειας, Ομόνοια Αραδίππου, Ονήσιλλος Σωτήρας, Ολυμπιακός Λευκωσίας και Ακρίτας Χλώρακας, Φρέναρος F.C. 2000, Οθέλλος Αθηένου (εξασφάλισαν την άνοδο τους από το Πρωτάθλημα Γ' Κατηγορίας).
